สำนักโครงการพระราชดำริ โครงการเฉลิมพระเกียรติ และกิจกรรมพิเศษ ได้ถูกกำหนดให้มีภารกิจหลักดังต่อไปนี้

๑. ศึกษา วิเคราะห์ จัดทำแผนแม่บท แผนยุทธศาสตร์ และแผนปฏิบัติการที่เกี่ยวข้องกับโครงการพระราชดำริ โครงการเฉลิมพระเกียรติ และกิจกรรมพิเศษ ของพระบรมวงศานุวงศ์ทุกพระองค์และขับเคลื่อนการดำเนินงานให้เป็นไปตามแผน 
๒. ประสานงาน และสร้างเครือข่ายความร่วมมือระหว่างภาครัฐและภาคเอกชน ทั้งภายใน และต่างประเทศในภารกิจที่เกี่ยวกับโครงการพระราชดำริ โครงการเฉลิมพระเกียรติ และกิจกรรมพิเศษ ของพระบรมวงศานุวงศ์
ทุกพระองค์  
๓. ส่งเสริม สนับสนุน การดำเนินงานโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ โครงการเฉลิมพระเกียร ติ และกิจกรรมพิเศษ 
๔. กำกับ ติดตาม และประเมินผลการดำเนินงานโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ โครงการเฉลิมพระเกียรติ และกิจกรรมพิเศษอื่น ๆ 
๕. พัฒนาระบบข้อมูลสารสนเทศด้านสาธารณสุขที่เกี่ยวข้องกับโครงการพระราชดำริ โครงการเฉลิมพระเกียรติ และกิจกรรมพิเศษ รวมทั้งเผยแพร่ประชาสัมพันธ์ผลการดำเนินงานให้หน่วยงานที่เกี่ยวข้อง และประชาชน
๖. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องหรือที่ปลัดกระทรวงสาธารณสุขมอบหมาย